In Rats of Wistar spielst du die Rolle einer der vier Ratten, die die Flucht aus dem berühmten Wistar-Institut organisiert haben. Du wirst deine Familie anführen müssen, um zu beweisen, dass du derjenige bist, der es am meisten verdient, die gesamte Kolonie anzuführen. Dank deiner außergewöhnlichen Fähigkeiten wirst du in der Lage sein, die Farm zu erkunden, bis du die Speisekammer erreichst, um dir den appetitlichen Käse zu schnappen; du wirst die von den Menschen zurückgelassenen Artefakte am Rande des Waldes ausbeuten, neue Erfindungen machen und dein Versteck unter den Bäumen ausbauen, indem du neue Räume gräbst und neue Betten baust. Du triffst auf einheimische Ratten und Mäuse, die du in deine Familie aufnimmst, und wenn nötig, besuchst du die Alchemistenmaus, um dir einen zusätzlichen Vorteil zu verschaffen.
Das Spiel geht über 5 Runden (das sind die 5 Tage, in denen die Herausforderung stattfindet) und du wirst wie folgt Siegpunkte (VPs) erhalten:
- Betten bauen,
- Ausgrabungsräume,
- durch das Lösen von Missionen innerhalb der Farm,
- heiße Gastmäuse willkommen,
- neue Erfindungen bauen,
- Errungenschaften einfordern.
Am Ende des Spiels gewinnt der Spieler mit den meisten Siegpunkten. Bei einem Gleichstand gewinnt der Spieler, der in der Zugreihenfolge am weitesten vorne steht.