Während der Herrschaft von Kaiser Yao wurden die Menschen im alten China ständig von tödlichen Überschwemmungen entlang des Gelben Flusses geplagt. Um der Verwüstung ein Ende zu setzen, beauftragte Yao Gun, einen seiner Beamten, mit der Ausarbeitung eines Plans. Nach neun Jahren gescheiterter Versuche mit Dämmen und Deichen fand Guns Arbeit ein fragwürdiges Ende. Nach seinem Tod erbte Yu das Werk seines Vaters. Er konnte aus Guns Fehlschlägen lernen und machte sich daran, eine Reihe von Kanälen zu bauen, um den reißenden Fluss in die nahe gelegenen Felder und kleineren Wasserwege zu leiten.
Legacy of Yu ist ein vollständig rücksetzbares, nichtlineares Kampagnenspiel, in dem du in die Rolle des legendären Helden der Xia-Dynastie, Yu dem Großen, schlüpfst. Deine Aufgabe wird es sein, die Kanäle vor der drohenden Flut zu bauen und gleichzeitig dein wachsendes Dorf gegen benachbarte Barbarenstämme zu verteidigen. Mit jedem Spiel werden neue Geschichten erzählt und neue Gameplay-Elemente hinzugefügt. Die Kampagne verfügt über ein sich selbst ausgleichendes System, das sich an deinen Erfolg anpasst. Die Kampagne endet, wenn du entweder sieben Spiele gewonnen oder verloren hast.