Die Erweiterung Batman: The Animated Series – Arkham Asylum bietet 13 weitere Missionen und einen völlig neuen Spielmodus: Den Clayface-Modus.
In Arkham Asylum erkunden die Spieler die Hallen der berüchtigten psychiatrischen Klinik und legen sich mit Clayface, Poison Ivy, Jervis Tetch, dem Bauchredner, Killer Croc, Maxie Zeus, Lock-Up, Clock King, Baby Doll und Hugo Strange an. Im Clayface-Modus erhält jeder Held eine Karte, die anzeigt, ob er derjenige ist, der er vorgibt zu sein, oder ob er in Wirklichkeit Clayface ist, der sich versteckt. Der Clayface-Spieler kann jederzeit seine wahre Identität preisgeben, sich in das riesige Clayface verwandeln und sich gegen seine ehemaligen Freunde wenden!