In Alien: Fate of the Nostromo übernehmen die Spieler die Rolle der Nostromo-Besatzungsmitglieder Ripley, Lambert, Parker, Brett oder Dallas. Im Laufe des Spiels sammeln sie Schrott, stellen Gegenstände her und erfüllen verschiedene Ziele. Die Besatzung verliert und gewinnt an Moral, wenn sie dem Alien oder anderen Situationen begegnet. Wenn die Moral der Mannschaft Null erreicht, verlieren die Spieler das Spiel.
Jede Runde besteht aus zwei Phasen. In der Aktionsphase der Crew schleichen die Spieler durch die Hallen der Nostromo, sammeln Schrott, stellen Gegenstände her, tauschen Schrott und Gegenstände mit anderen Spielern und nutzen Gegenstände und ihre besonderen Fähigkeiten. Brett kann zum Beispiel Gegenstände mit einem Schrott weniger herstellen als andere Spieler. Wenn sich das Alien innerhalb von drei Feldern um den Spieler mit dem Verbrennungsofen befindet, kann dieser Spieler den Verbrennungsofen benutzen, um das Alien zurück in sein Nest zu schicken.
In der Begegnungsphase ziehen die Spieler eine Begegnungskarte und lösen sie auf. Das Alien könnte hinter jeder Ecke lauern…
Sobald die Spieler ihre anfänglichen Ziele erfüllt haben, müssen sie eine von fünf abschließenden Missionen erfüllen, von denen jede eine Reihe von Anforderungen stellt. Um das Spiel zu gewinnen, müssen die Spieler die Anforderungen der letzten Mission gleichzeitig erfüllen. Für ein noch anspruchsvolleres Spiel können die Spieler auch den Wissenschaftsoffizier Ash einsetzen. Ash bewegt sich durch das Schiff, entfernt Schrott und zwingt die Mannschaft, die Moral zu verlieren.